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Triclustering on TemporaryMicroarray Data using the TriGen Algorithm

机译:使用TriGen算法对临时微阵列数据进行三聚类

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摘要

The analysis of microarray data is a computationalchallenge due to the characteristics of these data.Clustering techniques are widely applied to create groups ofgenes that exhibit a similar behavior under the conditionstested. Biclustering emerges as an improvement of classicalclustering since it relaxes the constraints for grouping allowinggenes to be evaluated only under a subset of the conditionsand not under all of them. However, this technique is notappropriate for the analysis of temporal microarray data inwhich the genes are evaluated under certain conditions atseveral time points. In this paper, we propose the TriGenalgorithm, which finds triclusters that take into account theexperimental conditions and the time points, using evolutionarycomputation, in particular genetic algorithms, enabling theevaluation of the gene’s behavior under subsets of conditionsand of time points.
机译:由于这些数据的特性,对微阵列数据的分析是一种计算挑战。聚类技术被广泛应用于创建在测试条件下表现出相似行为的基因组。双聚类是对经典聚​​类的一种改进,因为它放宽了分组的限制,允许仅在一部分条件下而不是在所有条件下评估基因。然而,该技术不适用于分析临时微阵列数据,在临时微阵列数据中,在某些条件下在多个时间点评估基因。在本文中,我们提出了TriGenalgorithm,它使用进化计算,特别是遗传算法,找到了考虑到实验条件和时间点的细微差别,从而能够在条件和时间点子集下评估基因的行为。

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